Abhängigkeit von der Karyotyp-Komplexität

English version

Die verteilung nach der Anzahl der Rearrangements im Karyotyp (Komplexität des Karyotyps) zeigt auf, wie häufig eine ausgewählte Veränderung bei einer bestimmten Komplexität des Karyotyps im Vergleich zu allen Fällen mit dieser Anzahl an Veränderungen auftritt.

Geben Sie die Datei mit den zu analysierenden Daten samt zugehörigem Datenformat ein, wählen Sie die Art der Daten-Vorverarbeitung, die maximale Anzahl zu analysierender Fälle, die Anzahl der darzustellenden Rearrangements und weitere Parameter an.

Mögliche Datenformate sind das Format der Mitelman-Datenbank, oder ein sehr einfaches Sonderformat, das nur die Fall-Identifikation und den Karyotyp beinhaltet, die voneinander mit einem Tabulator oder einem anderen Trennzeichen getrennt sind, mit einem Fall pro Zeile; dieses Format ist auch an die CGH angepaßt worden. Zusätzliche Information erhalten Sie im "HowTo zu Datenformaten."

Wenn Sie nicht damit vertraut sind, wie Sie Daten aus der Mitelman-Datenbank erhalten können, lesen Sie bitte die kurze Beschreibung "Retrieving data from the Mitelman database" (nur in englischer Sprache). Beachten Sie bitte auch, daß manche Daten in der Mitelman-Datenbank eine ältere Version der ISCN als die ISCN 1995 verwenden. Solche Daten können noch kompatibel mit der ISCN 1995 sein und werden somit korrekt analysiert, aber manche Daten könnten bereits inkompatibel sein und daher fehlerhaft ausgewertet werden.

Daten können verarbeitet werden "wie beschaffen" (d.h. ohne Vor-Verarbeitung), oder sie können zuvor in SCCN oder in Zytoband-Daten übersetzt werden; in den letzteren Fällen können Sie auch die virtuelle Banden-Auflösung der verarbeiteten Daten angeben.

Weitere Informationen zur Abhängigkeit von der Komplexität erhalten Sie in der Beschreibung der Desktop-Version und der Berechnung der Daten (jeweils nur in englischer Sprache verfügbar).

Parameter

Datei:

Format:

 Mitelman    Sonderformat (Bänderungs-Analyse)    Sonderformat (CGH)

Nur für die Sonderformate:

Trennzeichen:  Tabulator   Pipe ("|")   Leerzeichen (" ")

Daten-Vorverarbeitung:

Verwende die Daten

 wie beschaffen

oder übersetze sie in

   SCCN    Zytoband-Daten

mit einer Auflösung von

 2 Ziffern   1 Ziffer    Chromosomen-Arm

Anzahl der Fälle:

Die maximale Anzahl von analysierbaren Fällen ist aus technischen Gründen (Dauer der Berechnung) auf den unten angegebenen Wert begrenzt. Sie können auch einen noch geringeren Wert wählen.

Beachten Sie dabei, daß sinnvolle Ergebnisse mit weniger als 100 Fällen kaum erreicht werden können.

Maximalzahl der Fälle:
Alle analysierten Fälle:
Gültige Fälle:

 


Zitierung der CyDAS-Software

Um die Benutzung der CyDAS-Software von dieser Website in eine Veröffentlichung zu zitieren, machen Sie bitte folgende Angaben:
Hiller B, Bradtke J, Balz H and Rieder H (2004): "CyDAS Online Analysis Site", http://www.cydas.org/OnlineAnalysis/"

Um die Benutzung eines Programms des CyDAS-Software-Packetes (ein Programm des Software-Packetes selbst oder Ihr eigenes Programm, welches ein Programm des Packetes verlinkt) in einer Veröffentlichung zu zitieren, machen Sie bitte folgende Angaben:
Hiller B, Bradtke J, Balz H and Rieder H (2004):
"CyDAS: a cytogenetic data analysis system",
BioInformatics 2005 21(7):1282-1283; doi:10.1093/bioinformatics/bti146.
Bioinformatics Advance Access originally published online on November 16, 2004 [Abstract] [PDF] [HTML-Text]

Kommentare und Anfragen schicken Sie bitte an: info@cydas.org.