Evolutionsbaum

Der Evolutionsbaum zeigt mögliche Wege der Karyotyp-Evolution während der Tumorprogression auf.

Alle vorgeschlagenen Stammbäume sollten als "hypothetisch" betrachtet werden, da nur die Beobachtung des Karyotyps eines Patienten über einen längeren Zeitraum Aufschluß über den wirklichen Verlauf geben kann. Hier jedoch werden die Evolutionsschritte aus den Daten vieler Patienten in verschiedenen Stadien der Tumorprogression abgeleitet.

Nicht immer ist das erste Ereignis, das zytogenetisch sichtbar ist, auch das Startereignis für die Tumorprogression. Es könnte sich auch um ein späteres Ereignis handeln, welches dann den typischen Verlauf startet. Auch solche Fälle sollten hier darstellbar sein.

Geben Sie die Datei mit den zu analysierenden Daten samt zugehörigem Datenformat ein, wählen Sie die Art der Daten-Vorverarbeitung, die maximale Anzahl zu analysierender Fälle, die Anzahl der darzustellenden Rearrangements und weitere Parameter an.

Mögliche Datenformate sind das Format der Mitelman-Datenbank, oder ein sehr einfaches Sonderformat, das nur die Fall-Identifikation und den Karyotyp beinhaltet, die voneinander mit einem Tabulator oder einem anderen Trennzeichen getrennt sind, mit einem Fall pro Zeile; dieses Format ist auch an die CGH angepaßt worden. Zusätzliche Information erhalten Sie im "HowTo zu Datenformaten."

Wenn Sie nicht damit vertraut sind, wie Sie Daten aus der Mitelman-Datenbank erhalten können, lesen Sie bitte die kurze Beschreibung "Retrieving data from the Mitelman database" (nur in englischer Sprache). Beachten Sie bitte auch, daß manche Daten in der Mitelman-Datenbank eine ältere Version der ISCN als die ISCN 1995 verwenden. Solche Daten können noch kompatibel mit der ISCN 1995 sein und werden somit korrekt analysiert, aber manche Daten könnten bereits inkompatibel sein und daher fehlerhaft ausgewertet werden.

Daten können verarbeitet werden "wie beschaffen" (d.h. ohne Vor-Verarbeitung), oder sie können zuvor in SCCN oder in Zytoband-Daten übersetzt werden; in den letzteren Fällen können Sie auch die virtuelle Banden-Auflösung der verarbeiteten Daten angeben.

Weitere Information zum "Evolution Tree" erhalten Sie Beschreibung der Desktop-Version und der Berechnung der Daten (jeweils in englischer Sprache).

Parameter

Datei:

Format:

 Mitelman    Custom Sonderformat (Bänderungs-Analyse)    Sonderformat (CGH)

Nur für die Sonderformate:

Trennzeichen:  Tabulator   Pipe ("|")   Leerzeichen (" ")

Kopfzeile ist vorhanden

Daten-Vorverarbeitung:

Verwende die Daten

 wie beschaffen

oder übersetze sie in

   SCCN    Zytoband-Daten

mit einer Auflösung von

 2 Ziffern   1 Ziffer    Chromosomen-Arm

Anzahl der Fälle:

Die maximale Anzahl von analysierbaren Fällen ist aus technischen Gründen (Dauer der Berechnung) auf den unten angegebenen Wert begrenzt. Sie können auch einen noch geringeren Wert wählen.

Beachten Sie dabei, daß sinnvolle Ergebnisse mit weniger als 100 Fällen kaum erreicht werden können.

Maximalzahl der Fälle:
Alle analysierten Fälle:
Gültige Fälle:

Weitere Analyseparameter:

Relative Häufigkeit des Ersten Ereignisses:
Faktor zur Abnahme der Häufigkeit:
Mindestanzahl für ein Ereignis:	1 2 3 4 5
Schwellenwert für die Zusammenfassung:
Schwellenwert für die Abhängigkeit:	3 4 5 6 8 10
Maximale Baumtiefe:	3 4 5